財政部高雄國稅局表示，房地合一稅2.0自110年7月1日開始實施，營利事業比照個人依持有期間按差別稅率課稅，並於營利事業所得稅法定申報期間採分開計算稅額及合併報繳方式申報，該分開計算之所得額及稅額仍屬營利事業當年度所得額及營利事業所得稅應納稅額，因此營利事業適用投資抵減的租稅減免規定時，得抵減範圍包含依房地合一稅2.0規定分開計算的應納稅額。
該局說明，按所得稅法第24條之5第2項規定營利事業之房地交易所得應按差別稅率課稅之立法意旨，係為使我國營利事業與個人交易短期持有房地之所得租稅待遇一致，以防杜個人藉由設立營利事業買賣房地規避稅負，並抑制短期炒作，爰按其房地持有期間，採差別稅率45%、35%、20%計稅，並就該類房地交易所得與一般營利事業所得適用20%稅率部分區隔，將其與一般營利事業所得稅分開計算應納稅額。惟該分開計算之所得額及稅額仍屬營利事業當年度所得額及應納營利事業所得稅額範圍，應於結算申報時合併報繳，是租稅減免規定敘明得抵減之稅額為「應納營利事業所得稅額」者，包括房地合一稅2.0計算的應納稅額。
該局舉例說明，轄內甲公司110年度有營利事業所得稅應納稅額新臺幣(下同)100萬元，其中60萬元係依房地合一稅2.0分開計算的應納稅額，同年該公司亦有符合產業創新條例第10條規定之研發支出，得抵減的應納營利事業所得稅額75萬元，則該投資抵減稅額是否可抵減房地合一稅2.0的應納稅額，且於計算得抵減限額時，是否包含房地合一稅2.0的應納稅額？該局說明，產業創新條例第10條明定符合規定研究發展支出可抵減「應納營利事業所得稅額」，且以不超過當年度「應納營利事業所得稅額」30%為限，故該公司得以投資抵減稅額抵減房地合一稅2.0計算的營利事業所得稅應納稅額，可抵減限額為30萬元(100萬元×30%)。
該局進一步提醒，上開分開計算之房地交易所得額、應納稅額及投資抵減稅額，並應依所得基本稅額條例及相關子法規定計算基本所得額及基本稅額；又營利事業若有符合各項租稅優惠的投資項目，並欲享受投資抵減營利事業所得稅，務必依相關規定完成申請及申報程序，以維自身權益。