財政部臺北國稅局表示，營業人進口貨物，如經查獲短報進口貨物完稅價格，由海關補徵之營業稅額，不得列入扣抵銷項稅額。 該局說明，依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第15條規定，營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額；同法施行細則第30條第2項第1款規定，營業人進口貨物，經查獲短報進口貨物完稅價格，並有營業稅法第51條第1項各款漏稅情形者，認屬違章案件，經海關補徵之營業稅額，不得提出申報扣抵銷項稅額。 該局進一步說明，甲營業人因進口貨物短報進口貨物完稅價格，經海關補徵營業稅並核發「海關進口貨物稅費繳納證兼匯款申請書」，該違章補徵之進口貨物稅費繳納證第二聯(扣抵聯)已加註「如屬加值型及非加值型營業稅法施行細則第30條第2項情形之一者，依法不得列入扣抵銷項稅額」之提醒文字，請營業人於申報當期營業稅時，應留意不得提出該進口貨物稅費繳納證申報扣抵銷項稅額。 該局提醒，營業人如自行發現誤將不得扣抵之進項稅額申報扣抵銷項稅額，於未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，已自動補報並補繳所漏稅款者，依稅捐稽徵法第48條之1規定，可加息免罰。
