財政部臺北國稅局表示，營業人承包工程，應按工程款開立統一發票及報繳營業稅，不得以工程款抵付逾期罰款而免開立統一發票。
該局說明，依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第16條第1項規定，銷售額為營業人銷售貨物或勞務所收取之全部代價，包括營業人在貨物或勞務之價額外收取之一切費用，並應依同法第32條第1項規定，依營業人開立銷售憑證時限表規定之時限，開立統一發票交付買受人。又依上述營業稅法「營業人開立銷售憑證時限表」規定，包作業承包工程係以依工程合約所載每期應收價款時開立統一發票，倘發生逾期完工而被處罰款，被處罰款與依限開立發票係屬二事，不得以工程尾款抵付逾期罰款而免除開立發票與報繳稅款之義務。
該局舉例說明，甲公司承包乙公司發包之土木工程，雙方約定按工程進度撥付工程款，工程尾款(含稅)為新臺幣(下同)315萬元，嗣甲公司因工程延宕未能依約完工，乙公司依工程合約向甲公司收取罰款105萬元，甲公司乃以工程尾款扣除罰款實收價款210萬元(315萬元-105萬元)，甲公司應依規定開立315萬元統一發票予乙公司，並由乙公司開立賠償金收據105萬元予甲公司。
該局呼籲，請營業人自行檢視，倘有短漏開立統一發票、短漏報銷售額情事者，依稅捐稽徵法第48條之1規定，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動補報並補繳所漏稅額，可加息免罰。